Ejerció su ministerio sacerdotal dando clases de Teología Pastoral durante la Primera Guerra Mundial.

Ellos le ofrecieron que encabezara una Iglesia distanciada del Vaticano y el régimen lo apoyaría, pero Beran no aceptó.

Organizó la Acción católica y operó el diario Katolik, que se distribuía en las iglesias.

Anteriormente Beran no había dudado en hacer pública una carta titulada “¡No calles obispo, no puedes callar!”, en la que denuncia la postura totalitaria del régimen por lo que de inmediato fue arrestado, interrogado, y prohibido el ejercicio de su ministerio por lo que mantienen al obispo Beran en arresto y cárcel domiciliaria sin contacto con el mundo exterior, sin radio prensa ni televisión.

Mientras estaba prisionero en el edificio episcopal en Praga escribió una carta a Pío XII en la que se menciona: "Lo que me aflige, no son mis dificultades personales, sino las mentiras, las calumnias, las injusticias con que se ofende a Vuestra Santidad, a la Santa Sede, a nuestra Santa Madre la Iglesia, que con esto se ofende a la Majestad Divina... De gran conforto me es la fidelidad hacia la Santa Sede de gran parte del clero y de los fieles, cuyas plegarias se digne escuchar el Señor Omnipotente".

Fue transferido a la prisión de Roslov en 1951, donde permaneció doce años allí hasta su puesta en libertad en 1963.