Durante su gestión como gobernador ha enfrentado diversas polémicas, investigaciones solicitadas por el Senado de México por presuntas irregularidades[1]​ y protestas multitudinarias nunca antes registradas en el estado por una propuesta de Ley del Agua para el Estado de Baja California que Vega envió al congreso de su estado y que finalmente, ante la presión social, solicitó fuera abrogada.

[3]​ Dicho acto mereció que la Comisión Nacional de Derechos Humanos de su país[4]​ investigara los hechos y le hiciera una recomendación, la cual aceptó.

Vega de Lamadrid fue precandidato suplente a senador ese mismo año.

Actualmente se encuentra bajo investigación y enfrenta un proceso de expulsión del Partido Acción Nacional

[14]​ Días después el gobernador ofreció disculpas públicas por sus declaraciones, asegurando que no buscó ofender a nadie.

La aprobación se realizó de esa manera debido a fuertes protestas que mantenían tomado el recinto legislativo por manifestantes que rechazaban la medida y se enfrentaron a la policía en el pleno.

[4]​ El operativo realizó detenciones arbitrarias en las que participaron civiles "ya que los agentes ministeriales, estatales y municipales que participaron, no se apegaron a los lineamientos exigidos constitucionalmente para la privación de la libertad de cualquier persona, pues las ejecutaron personas civiles, en otros casos sin orden de aprehensión y, de manera recurrente, sin encontrarse en flagrancia, acorde a las declaraciones y testimonios".

[4]​ Dicha acción generó críticas al gobernador por parte de distintos organizaciones no gubernamentales, quienes criticaron que en el estado donde empezó la transición a la democracia en México se realizara una represión sindical.

Dicha recomendación fue aceptada por el Gobierno del Estado de Baja California.