En 1544 inició sus estudios en la Universidad de Alcalá en el Colegio de Trilingüe alcanzando en 1547 la licenciatura en artes y filosofía, convirtiéndose en 1553 en maestro en artes y filosofía.
Estableció el examen del "Protomedicato", que debían realizar en Madrid todos los licenciados en medicina para poder ejercer, como control de la formación recibida en las diferentes universidades de España.
[12] Influyó en el gran teólogo, filósofo y jurista Francisco Suárez, coetáneo de Valles, a quien conoció y estudió, aplicando a su obra juvenil De Anima concepciones antropológicas ya presentes en la obra del gran médico y filósofo humanista.
[17] En Alcalá de Henares, Burgos, Covarrubias, El Escorial y Madrid tiene dedicadas sendas calles con su sobrenombre "Divino Valles".
[19] La obra impresa del médico, en castellano o latín, aparece firmada como Francisco Vallesio Covarruviano o Francisci Vallesii Covarrubiani, que significaría 'Francisco del Valle, natural de Covarrubias'.
[20] Cuando, a finales del siglo XX, se volvió a estudiar a este médico en obras históricas y en instituciones, se prefirió la forma llana, tanto en el CSIC como en obras especializadas (las de V. Peset Llorca, E. Sánchez Fernández-Villarán, L. García Ballester, J.L.