Finalizados los estudios universitarios, las dificultades para promocionarse en Alcalá y la imposibilidad de desarrollar una actividad quirúrgica fructífera en la ciudad, le deciden a probar suerte en otras capitales.En estos dos años, el cirujano llegó a prestar tan grandes y extraordinarios servicios (así consta en los documentos) que la ciudad y el Concejo quedaron muy satisfechos.En 1568 consigue formar parte de la Cámara Real aunque sin título oficial.En contraste, y pese al arsenal quirúrgico descrito detalladamente en su "Tratado..." y a haber inventado y utilizado algunos instrumentos como el speculum pudendi (una tenaza para extraer los cálculos uretrales), y el instrumento cisorio (similar a un cateter) para la cirugía urológica, los útiles inventariados como "hierros para la cirugía" no eran muy numerosos, lo que denotaría que, quizás, fuera más teórico que práctico como la mayoría de los cirujanos europeos de su tiempo, que dejaron en manos de los empíricos una buena parte de las intervenciones urológicas.Los profesionales de la urología reconocen su labor investigadora al crear la Medalla Francisco Díaz, que desde 1972 premia la labor médica, docente e investigadora de urólogos españoles e iberoamericanos.
Compendio de cirugía (1575).
Portada del tratado de urología de Francisco Díaz (1588).
