El año siguiente se desempeñó como auxiliar del obispado de Oaxaca, y en 1807 fue consagrado.Particularmente acalló al religioso José Matías Delgado, partidario de una iglesia salvadoreña independiente.No está claro que todas las diferentes agrupaciones religiosas están de acuerdo con el nuevo orden del gobierno.De hecho, yo personalmente lo dudo; aunque ellos parezcan satisfechos, hablen bien, y no expongan opiniones o acciones que exhiban su oposición al asunto.Con respecto a permitir el culto protestante, Su Eminencia me dejó claro que siempre que fuera una fe «privada» no habría ninguna objeción; que la constitución de Guatemala se había escrito de la forma más liberal posible, dadas las circunstancias del momento.
Presbítero José Matías Delgado, quien buscaría ser obispo de San Salvador a pesar de la oposición del arzobispo Ramón Casaus y Torres. Además de ello sería gobernador eclesiástico y vicario provincial de San Salvador hasta el 21 de enero de 1831, y diputado presidente del congreso estatal de 1832. Fallecería el 12 de noviembre de 1832, luego de lo cual el congreso estatal lo nombraría Benemérito de la Patria.
