Dos años más tarde volvió a subir al trono y le sucedió por Francisco II en 1581.

Francisco I hizo que Sajonia-Lauenburgo se endeudase, para ello empeñó la mayor parte de las heredades a sus acreedores.

[1]​ En 1550 Francisco I buscó ejercer influencia para obligar al capítulo catedralicio del vecino Principado-arzobispado de Ratzeburgo para elegir a su hijo de siete años Magnus como el próximo príncipe obispo.

Al año siguiente, Magnus alquiló, entre otros, a tropas holandesas para que conquistaran Sajonia-Lauenburgo por la fuerza.

Francisco II, un experimentado comandante militar al servicio imperial, y el duque Adolfo de Holstein-Gottorp, Coronel del círculo (Kreisobrist) del Círculo de la Baja Sajonia, ayudó a Francisco I para derrotar a Magnus.