Desgraciadamente para él, las grandes potencias no quisieron ocuparse del problema, que consideraban demasiado local, y el emisario del duque pudo participar solo marginalmente en la conferencia.

El duque tuvo que preparar algunos contingentes militares pidiendo ayuda a la Iglesia.

El papa, no obstante, no quería decantarse por ninguno de los pretendientes al trono español, considerando al ducado como un territorio bajo su influencia, aconsejó la neutralidad y pidió que fuesen izados sus estandartes en las ciudades ducales.

Ante esta situación, Francisco decidió seguir los consejos del papa y consiguió mantenerse alejado de ambas partes, buscando obtener indemnizaciones, jamás conseguidas, por las ocupaciones alemanas y al mismo tiempo obsequiando al comandante de las tropas franco-españolas, Luis José de Vendôme, que había llegado a Italia.

La Santa Sede le prohibió pagar, pero éste, ante aquella situación, no pudo hacer nada.

En 1709, el emperador le impuso la investidura de sus ciudades como feudos imperiales.

Francisco no aceptó nunca esta situación, que cambió en 1711 con la muerte del emperador José I, al cual sucedió su hermano, el archiduque Carlos, que dejó el trono español a Felipe V.

Muerta la esposa de Felipe V, Alberoni, empujado por la princesa de los Ursinos, convenció al rey español a casarse con Isabel Farnesio, hijastra y sobrina del duque Francisco.

En 1717, el duque participó en la guerra veneciana contra los turcos, mandando un regimiento constantiniano a Dalmacia.