En Costa Rica se le considera uno de los más influyentes artistas nacionales del siglo xx, en cuya obra retrata la sociedad y cultura costarricense.

Con la pintora Flora Luján –su segunda esposa, cuyo matrimonio data de 1936– tendrá dos hijas: Olga y Marta.

Cuando regresa a Costa Rica realiza su primer mural al fresco, La agricultura, en la Casa Presidencial.

Se encuentran murales suyos en varios edificios: Museo de Arte Costarricense, Banco Nacional de Alajuela, Hospital Rafael Ángel Calderón Guardia, Lincoln School y Clínica Dr. Clorito Picado.

Los óleos los realizó sobre tela o sobre tablas preparadas recubiertas de yeso, en estas últimas, trabajadas en capas transparentes y con pinceladas en una dirección evidente.

Estas pinturas se distinguen por la constante aparición de la temática en torno al hombre, desarrollado también en el mural y xilografía.

En la acuarela, Amighetti trata el color como un elemento expresivo, creando junto con la línea una serie de planos visuales.

Los temas de la muerte, la vejez y la agresividad fueron tratados en la cromoxilografía, proyectando en este técnica sus inquietudes personales.

En 1947 publica su libro Francisco en Harlem, ilustrado con 31 xilografías suyas en blanco y negro.

Amighetti publicó tres libros autobiográficos, así como muchos artículos referentes al arte y a sus experiencias personales.

Realizó numerosas exposiciones colectivas e individuales tanto en Costa Rica como en países como Argentina, Guatemala, Estados Unidos, México, Alemania, Japón, Ecuador y Panamá.

Se le realizaron varias exposiciones en homenaje en forma póstuma, en Costa Rica en 2004 (Galería Nacional y Museo del Arte Costarricense).