Maffei desarrolló un estilo a veces excéntrico, que alcanza un gran patetismo sobre todo en sus obras de carácter religioso.
Incluso en sus alegorías exhibe un carácter nervioso, con gusto por las disonancias y una pincelada agresiva, que rompe con su primitiva formación tardo-manierista.
Notables son sus trabajos en los Oratorios delle Zitelle y de San Nicola da Tolentino, en su ciudad natal.
En 1638 visitó Venecia, donde pudo conocer el arte innovador de pintores como Johann Liss, Domenico Fetti o Bernardo Strozzi.
Maffei abandonó Vicenza en 1657 y se instaló en Padua, donde pocos años después falleció víctima de la peste.