Hodgkins nació en Dunedin, Nueva Zelanda, en 1869, hija del abogado, pintor amateur y figura artística de la ciudad W.M.
De adolescente asistió a la Braemar House, una escuela secundaria privada para niñas, y luego se incorporó al Columba College.
Entre sus alumnas se encontraba Edith Kate Bendall, la amante lesbiana de Katherine Mansfield.
Ese mismo año Hodgkins se comprometió con un inglés, T. Boughton Wilby, y planeaba regresar a Europa para casarse con él.
Dado que no le agradaba dar clases en Nueva Zelanda, en 1906 Hodgkins regresó a Londres.