Su primer comandante en jefe fue Edward Russell I duque de Oxford.

[2]​ Hasta 1801, el control de estas bases siguió siendo su principal función y, durante las Guerras Napoleónicas se llegó, incluso, a crear buques especiales de abastecimiento para suministrar provisiones a los navíos ingleses que debían pasar meses en las aguas del canal sin tocar tierra para mantener bloqueados a los barcos franceses en sus puertos.

La Flota del Canal aparece en varias novelas históricas sobre la Royal Navy.

También la flota aparece en varias novelas de la serie Aubrey-Maturin del escritor Patrick O'Brian.

La heroica lucha inicial del barco ficticio HMS Thunder Child y el posterior enfrentamiento general se describe con detalle en el capítulo titulado The Thunderchild.