La red ferroviaria estonia es propiedad de la empresa estatal AS Eesti Raudtee y de la empresa privada Edelaraudtee Infrastruktuuri AS.
Desde el verano de 2016, tres trenes diarios operados por los Ferrocarriles Letones conectan Riga (Letonia) con Valga (Estonia).
Las demás líneas ferroviarias hacia los países vecinos no se utilizan por el momento para el tráfico directo de pasajeros.
Las rutas ferroviarias históricas son Tallin-Moscú, vía Tartu-Pechory, y Riga-San Petersburgo, que atravesaba Estonia desde Valka (Letonia) hasta Valga (Estonia-Võru-Piusa-Pechory (Rusia).
Los trenes de mercancías son operados por Eesti Raudtee y empresas privadas como Estonian Railway Services (E.R.S.