En 1845, el Great Western Railway (GWR) se había establecido como la compañía ferroviaria dominante que controlaba las rutas troncales de oeste a este desde Bristol y desde el oeste de Inglaterra hasta Londres.

Se habían propuesto varios proyectos para construir una ruta ferroviaria de norte a sur, en particular una que conectara los distritos industriales de las Midlands Occidentales y Lancashire con Southampton y los Puertos del Canal.

[nota 1]​ El LSWR debía construir una tercera línea sobre esa sección y arrendarla al SM&AR.

La compañía continuó las obras gestionando directamente los recursos necesarios, pero se quedó sin dinero y el trabajo cesó en octubre de 1876.

[5]​[6]​ En septiembre de 1879, Watson, Smith & Watson reanudó el trabajo "bajo unas condiciones que garantizaban el pago de intereses a los accionistas al 5 por ciento anual hasta que la línea estuviera abierta al tráfico".

No se habían establecido los términos para el acceso a la Estación de Swindon del GWR, que se mostró hostil desde el principio en las negociaciones iniciadas, dado que consideraba que el SM&AR estaba haciendo posible una ruta de penetración norte-sur, y los términos del acuerdo se sometieron a arbitraje.

[3]​[10]​ La aspiración original había sido unir el Ferrocarril de Midland con la costa sur: llegar a Swindon no era suficiente.

Obtener la Ley le había resultado caro a la compañía en gastos parlamentarios, pero instruyó a Watson, Smith y Watson para que procedieran con la construcción, pero parece que se realizó una supervisión insuficiente del contratista.

El 1 de agosto de 1891, la compañía finalmente completó las negociaciones para llegar a la estación del Ferrocarril Midland en Cheltenham (más tarde Lansdown) y los trenes finalmente circularon, con vagones directos a Southampton operados por el LSWR desde Andover.

Se instaló el sistema denominado Tyer's Electric Train Tablet para gestionar la vía única, lo que supuso una mejora considerable en el personal y respecto al sistema de testigos utilizado en las secciones abiertas anteriormente.

Se eliminaron las conexiones a la línea del GWR en Marlborough y en Savernake (Wolfhall Junction).

El Midland también otorgó generosos préstamos al M&SWJR, necesarios para duplicar parte de su ruta.

[3]​[5]​ En la apertura de toda la línea del M&SWJR, el servicio de trenes de pasajeros no estaba bien organizado, pero en 1892 se tomaron prestados dos trenes completos (locomotora y vagones) del LSWR que funcionaron como trenes rápidos entre Southampton y Cheltenham hasta que el material del M&SWJR estuvo disponible.

El Ferrocarril de Midland tenía automotores directos a varios destinos, incluidos Sheffield, Mánchester, Bradford y Leeds.

El SM&AR compró tres locomotoras tanque 0-6-0 de Dübs and Company para su apertura.

Estaban destinadas a remolcar trenes pasajeros y se numeraron del 5 al 8.

La empresa, por entonces en quiebra, tenía solo siete locomotoras para operar su ruta extendida, y en 1893 uno de sus directores, Percy Mortimer, adelantó el dinero necesario para comprar una locomotora auxiliar 4-4-0, de Dübs, que recibió el n° 9.

Se compraron seis máquinas auxiliares 0-6-0 de Beyer, Peacock en 1899 y otras cuatro en 1902.

Les siguieron nueve máquinas auxiliares 4-4-0 adquiridas a la North British Locomotive Company, que fueron entregadas entre 1905 y 1914.

Con un arqueo de 82 toneladas largas (83,3 t) con ténder, eran máquinas muy pesadas, pero en aquella época la vía permanente ya se había reforzado con carriles más resistentes.

Era un dispositivo sofisticado, cuya principal ventaja era el manejo de líneas con tráfico denso.

[17]​ Adrian Vaughan relata una conversación anecdótica sobre los métodos operativos de M&SWJR; un hombre llamado Nelson Edwards está recordando los días previos al agrupamiento; con él están Bill Curtis, ex M&SWJR, y Sid Tyler, GWR: "No sólo eso", afirmaba Bill, "sino que también andábamos cortos de luces traseras.

"Bueno, maldita sea", dijo Sid, "¿qué habrías hecho si los acoplamientos se hubieran roto y estuvieras en un tanque de agua en la parte trasera del tren que sube por la orilla de Rushey [Platt] a [Swindon] Old Town?

¡No tienes ninguna posibilidad sin frenos, cuesta abajo y en el primer punto de captura!"

Prácticamente toda la línea descendente desde Cirencester hasta Rushey Platt necesitaba ser renovada, y el GWR se dedicó a reducir la sección a vía sencilla en los primeros años de su propiedad de la línea para demorar su renovación.

Esto se combinó con los coches automotores del GWR en la sección norte, que podían operar en la línea para transportar hombres y materiales a los lugares de trabajo.

El carbón se traía a través de la línea del M&SWJR, hasta 200 vagones por día.

[5]​ La conexión realizada durante la Primera Guerra Mundial a la línea del LSWR en Red Post Junction se eliminó en 1936.

De hecho, no se hizo nada hasta 1933, cuando se llevó a cabo una racionalización menos radical: la antigua ruta de doble vía del M&SWJR se convirtió en dos vías únicas desde Marlborough Tunnel South: la línea descendente del M&SWJR (hacia el sur) ahora se dedicó a trenes directos hacia y desde Savernake High Level sobre la línea del M&GR, y la antigua línea ascendente (hacia el norte) conectada a Savernake Low Level (la antigua línea de la Extensión de Berks y Hants) usando el enlace en Hat Gate; la mayor parte del ramal original del Ferrocarril de Marlborough se cerró y el tráfico de pasajeros se concentró en la estación del M&SWJR existente allí.

[3]​ Era necesario revestir el túnel de Marlborough, que había dado problemas anteriormente.