Sorpresivamente, fue reincorporado a la Armada en enero del año siguiente y puesto al mando de un buque.

Para evitarle tentaciones políticas, se lo destinó a una misión de exploración del río Bermejo, que llegó a la conclusión inevitable y frustrante de que ese río no sería nunca navegable.

Durante los años siguientes se dedicó a la exploración de las costas patagónicas y al apoyo naval a los puertos de esa zona al mando del transporte Villarino.

Al año siguiente, condujo a Lista en la exploración de Tierra del Fuego, que se inició con una matanza de indígenas selknam); tras las recriminaciones del misionero José Fagnano y del capitán Spurr, las relaciones con los indígenas mejoraron algo, y se pudo explorar la costa este de la isla, incluyendo el descubrimiento del río Grande.

En 1889 fue enviado a Inglaterra como comandante del acorazado Almirante Brown, la nave más poderosa de la flota, para cambiarle toda la artillería, ante la inminencia de un conflicto armado con Chile.