Se reincorporó poco más tarde a la flota Confederal, con el grado de capitán.

Fue ascendido al grado de mayor, y poco después a teniente coronel.

A los pocos días pasó al Canal Beagle y desembarcó en la Bahía Ushuaia.

Allí se encontró con la misión del reverendo Thomas Bridges, donde estaban reunidos unos 350 indígenas yámana, casi todos los que habían sobrevivido a las enfermedades introducidas durante ese siglo.

Construyó varios edificios públicos, entre ellos la subprefectura, e instaló balizas para la navegación.

Poco después visitó Punta Arenas, acto en el cual comunicó oficialmente la ocupación argentina de la zona al gobierno chileno.