Los movimientos esporádicos anteriores a 1901 se convirtieron en acciones sindicales mejor coordinadas y organizadas, declarándose las primeras huelgas generales.

Tal alianza, debido a la incompatibilidad de fines y métodos, no podría durar mucho tiempo.

Los socialistas se enfrentaron cada vez más a la dinámica de la FORA, ya que les impedía desarrollar su proyecto parlamentarista.

Pocos meses antes, una asamblea de 12 gremios socialistas había decidido continuar editando La Organización.

La asamblea rechazó una invitación del Partido Socialista a suspender el acto del Primero de Mayo y sumarse al que estaban organizando, acordando que «Las sociedades adheridas al presente congreso, en el caso de no poder concurrir a la manifestación auspiciada por la FOA no concurrirán tampoco a otras que inicie cualquier otra agrupación».

La reacción gubernamental es tan drástica que muchos locales son cerrados y varios periódicos obreros clausurados.

Al día siguiente los panaderos declaran la huelga y la policía asesina a un huelguista de 19 años.

La FORA manifestó a 500 metros del cementerio para protestar, pero la multitud fue rodeada por las fuerzas de seguridad que descargaron sus armas sobre la multitud, asesinando a 6 manifestantes, ente los que figuraba un niño de 10 años, y dejando unos 50 heridos.

En sus primera declaración, saludaba al “compañero Planas”, que había atentado fallidamente contra el presidente Manuel Quintana.

Entre otros temas tratados, se recomendaba sus asociados “no dejarse conducir presos sin causa justificada, llegando hasta la violencia trágica para poner coto a esos abusos policiales, debiendo las sociedades a que pertenecen prestarles ayuda material y moral”.

[9]​ Dos años después, fracasó el primer intento de unificar la FORA y la UGT (socialista).

A estas críticas de los socialistas, sindicalistas puros y anarquistas como Luigi Fabbri respondían:

Luego de intensos debates, el congreso logró una unidad nominal pero desnudó las irreconciliables diferencias entre anarquistas y socialistas:

La huelga duró tres meses y finalmente muchos propietarios aceptaron mantener los alquileres sin aumentos.

Se verificaban manifestaciones callejeras en todos los barrios, sin que la policía pudiese impedirlas, y pronto con un espíritu de organización admirable se constituyeron comités y subcomités en todas las secciones de la Capital.

Para ese año la FORA contaba ya con federaciones locales en Buenos Aires, Rosario, Santa Fe, La Plata, Tucumán, Paraná y Mendoza, aunque su influencia se extendía más allá de los obreros directamente afiliados; durante ese año la crisis económica provocó 118 conflictos gremiales.

Durante febrero de 1909 se produjeron importantes conflictos gremiales en Rosario, con enfrentamientos callejeros con la policía.

La radicalización del movimiento hizo que el Gobierno aceptase los reclamos, levantando las clausuras y liberando a los detenidos.

Era el momento de apogeo del anarquismo en Argentina y la confrontación se tornó inevitable.

Un mes más tarde, un total de 21 gremios desconocieron el IX Congreso y eligieron un Consejo Federal.

El sindicato más poderosos e influyente de la FORA del IX Congreso[18]​ era la Federación Obrera Marítima (FOM).

Entre los militantes más conocidos de la FORA del IX Congreso se encontraban el Sebastián Marotta (sindicalista revolucionario, linotipistas), José Fernando Penelón (comunista), Adrián Patroni (socialista), Francisco García (sindicalista revolucionario), Jacinto Oddone (socialista), Juan Antonio Morán (marítimos-anarquista).

La FORA del IX Congreso, en cambio, desautorizó y reprobó la medida mediante una proclama difundida en forma de afiches en las calles.

Paralelamente, la FORA del IX solicitó que en los conflictos obreros interviniese la policía y el poder ejecutivo, enviando delegaciones a la Casa Rosada.

La manifestación que participaba de la procesión hasta el Cementerio de la Chacarita alcanzaba las 200.000 personas, y enardecida la multitud cometió saqueos a las iglesias, armerías y comisarías; mientras tanto, los talleres Vasena fueron atacados e incendiados, sucediéndose enfrentamientos por toda la ciudad.

La Sociedad Obrera en una asamblea en que se discutían los pasos a seguir, radicaliza su posición al prevalecer la tendencia de la FORA del V Congreso (anarquista), por sobre la de la FORA del IX Congreso (sindicalista).

El gobernador Yza acuerda con Varela no recurrir a la represión, y se entrevistan con los huelguistas en la estancia El Tero el 15 de febrero.

Varela contaba con una tropa de 200 hombres bien pertrechados, mientras que los huelguistas rondaban los dos millares, pobremente armados.

[22]​ Actualmente, la FORA no es estrictamente una organización anarcosindicalista, ya que «aunque constituida por gremios y entidades profesionales, no tiene las características generales de una organización propiamente sindical y mucho menos las de un partido.

La crisis económica y social argentina desde finales de los 90 ha hecho que la Federación tenga un crecimiento continuo en los últimos años.