Siglos más tarde, en 1832, arribaría la nave británica HMS Beagle comandada por Roberto Fitz Roy —acompañado por el científico Carlos Darwin— con el objetivo de realizar estudios hidrográficos que abarcaban desde el golfo San Matías hasta el canal de Beagle.

En un principio los aborígenes se arrimaron al lugar en busca de provisiones y para comerciar productos pero no se asentarían en forma definitiva y en 1863, sumado a las duras condiciones del clima, los misioneros anglicanos debieron regresar ya que la iniciativa no prosperaría.

[1]​[2]​ Posteriormente, un ciudadano francés residente en Buenos Aires con su familia, Ernesto Rouquaud, consiguió en julio de 1871 del presidente argentino Domingo Faustino Sarmiento el permiso de poblar con colonias agroindustriales en tierras a ambas orillas del mismo río.

En 1877, este último país, mandaría una expedición para explorar la comarca al sur del río Santa Cruz con intención de anexionársela pero sin mayores resultados.

Finalmente el tratado de límites se llevaría a cabo entre ambos países litigantes en el año 1881, con rectificaciones posteriores.

En 1884, el militar Carlos María Moyano, fue nombrado primer gobernador del Territorio Nacional de Santa Cruz.

El entonces presidente Julio Argentino Roca le había dado instrucciones para que procurase atraer a agricultores malvinenses para establecerse en Santa Cruz.

Moyano viajó varias veces al archipiélago, logrando éxito su tarea de poblar Santa Cruz con colonos malvinenses y trasladar ovejas para su cría.

Moyano y Ethel residieron en Puerto Santa Cruz, cuyas primeras edificaciones fueron hechas con materiales traídos desde las Malvinas.

De aquellos tiempos datan los pioneros malvinenses en Santa Cruz Dickie, Duncan, Fell, Felton, Halliday, Hamilton, Mac George, Mackenzie, Patterson, Rudds, Saunders, entre otros.

La bandera está diseñada en un campo dividido en cuatro cuadrantes, en los cuales se representa el pasado, el presente y el futuro de la ciudad.

A la derecha del cuartel superior y de color sepia se encuentran unas mesetas que representan Cañadón Misioneros.

En la parte central, como enmarcado todos los símbolos del escudo y sobre los dos cuarteles, se encuentra la figura de un ancla.