Son segmentos repetidos ubicados en la faringe del animal, teniendo algunas especies de hemicordados hasta 200.[2] Sin embargo, es aceptado en la actualidad que los faringotremas son homólogos con las bolsas faríngeas y no con las hendiduras del cuello.[3] Las células de la cresta neural entran en estos arcos donde contribuyen con características craniofaciales, como hueso y cartílago.[3] En los peces el resto de arcos posteriores contribuyen al esqueleto branquial, que da soporte a las branquias; en los tetrápodos los arcos anteriores dan lugar a componentes de los oídos, amígdalas y el timo.[13] Estos estudios indican que los faringotremas encontrados en hemicordados y cordados son homólogos desde un punto de vista molecular.
