Los protóstomos y los deuteróstomos se bifurcaron a finales del periodo Ediacárico.

[2]​ Los lofoforados habían sido considerados deuteróstomos por algunos autores (como Brusca),[3]​ y protóstomos por otros (como Hickman).

[5]​ Parece ser, que muchos libros y publicaciones siguen situando a los lofoforados dentro del grupo de los deuteróstomos.

Los análisis moleculares recientes han establecido como deuteróstomos a los cordados, equinodermos, hemicordados y xenacelomorfos.

[8]​ Pero estudios recientes han recuperado a los xenacelomorfos como deuteróstomos y se ha descubierto que la posición basal de los xenacelomorfos es causada por la atracción de ramas largas, con lo cual Deuterostomia presentaría las siguientes relaciones posibles:[7]​[9]​[10]​[11]​ Xenacoelomorpha Echinodermata Hemichordata Cephalochordata Urochordata/Tunicata Vertebrata/Craniata También se ha sugerido que probablemente Deuterostomia sea un taxón parafilético.