Su sede principal, inaugurada en 1944, se encuentra en la calle Paraguay 2155, frente a la Plaza Houssay, en el barrio porteño de Recoleta.

Tuvo su primera sede propia en el solar que hoy ocupa la Escuela Guillermo Rawson, en la calle Humberto 1° 343 del barrio de San Telmo, inaugurada en 1858.

Este edificio era conocido en la época colonial como el “Protomedicato”, fundado en 1780 en terrenos que habían sido parte del Convento Betlemita, cuya iglesia está aún hoy en la vereda opuesta.

Rápidamente quedaron obsoletos tanto el Hospital como la Facultad y ya en 1905 se proponía la construcción de un nuevo Policlínico que sirviera como Escuela para los estudiantes.

En el año 1975 comenzaron los trabajos de demolición del antiguo Hospital de Clínicas, y en 1980 se inauguró la Plaza Dr. Bernardo Houssay, proyectada por los paisajistas Pradial Gutiérrez, Aldo Maio Liberatori, y Román Wellington Peñalba.

En el Consejo Directivo están representados por los tres claustros de la Facultad: profesores, graduados y estudiantes.

En el caso de los consejeros graduados y los estudiantiles la elección se logra con voto directo.

Gracias a su trabajo, la fisiología fue la disciplina médica que mayor vigor y desarrollo tuvo en la Argentina.