Gracias a su trabajo, la fisiología fue la disciplina médica que mayor vigor y desarrollo tuvo en Argentina.

Desde 1915 a 1919 estuvo trabajando en el Instituto Bacteriológico Nacional (hoy el Malbrán), como director del Departamento de Sueros.

En 1943, fue dejado cesante en la Universidad de Buenos Aires por haber firmado, junto con otras personalidades, una declaración pidiendo la convocatoria a elecciones democráticas en el país y en apoyo al bando aliado en el marco de la Segunda Guerra Mundial.

Con el aporte de fondos privados, estuvo al frente del Instituto de Biología y Medicina Experimental junto a Eduardo Braun Menéndez, Juan Treharne Lewis, Virgilio Foglia y Oscar Orías.

[7]​ Juan Domingo Perón simpatizaba con el fascismo europeo, lo que lo enfrentaba con Houssay, un abierto defensor de la causa aliada durante la Segunda Guerra Mundial.

[11]​ Houssay había creado en forma privada el Instituto de Biología y Medicina Experimental (IByME) en 1944.

Junto con sus compañeros realizó numerosos trabajos en endocrinología, nutrición, farmacología, patología experimental, glándulas suprarrenales, páncreas, hipertensión, diabetes y otras áreas abarcadas por la fisiología.