Manuel Tolsá llegó a ser director de escultura del recinto en sus primeros años.

Cuando reabrió en 1824 se suprimió el adjetivo "Real" (debido a la emancipación española) y pasó a ser conocida como Academia Nacional de Bellas Artes de San Carlos.

En el año 1846 el escultor Manuel Vilar, plantea que es necesario darle mantenimiento al recinto, y desde 1852 desarrolla un proyecto para su remodelación, pero es hasta los años 1857-1858 que comienzan los trabajos con estilo renacentista, a cargo del arquitecto Javier Cavallari, mismos que hasta la fecha se conservan, principalmente en la fachada; las remodelaciones culminaron cerca del año 1868.

[6]​ En 1855 ingresó a estudiar José María Velasco a la academia, uno de los máximos representantes del paisajismo en México, tres años después ya forma parte del cuerpo de profesores que imparten clases.

Parece ser que la Escuela de Pintura y Escultura se anexaría algunos años más tarde.

Su primer director en esta nueva etapa sería el destacado artista mexicano Diego Rivera.

En 1941 comienza a impartir cursos nocturnos para obreros sobre letra y cartel, creándose así el Departamento de Dibujo Publicitario.

Para 1942 los cursos de Dibujo Publicitario se convirtieron en una especialidad y continuaron así hasta 1950.

[10]​ En 2014, la carrera de Diseño y Comunicación Visual actualizó nuevamente su plan de estudios: la especialidad en Fotografía pasa a convertirse en materias optativas, mientras que las otras 4 fueron renombradas como: Gráfica e ilustración, Edición Gráfica, Medios Audiovisuales e Hipermedia, así como Iconicidad y Entornos.

[2]​ El plantel Xochimilco de la FAD ha contado a lo largo de su historia con varias y varios docentes tanto de Artes como de Diseño que han impartido clases, entre los más reconocidos están: Luis Nishizawa, Jesús Mayagoitia, Herlinda Sánchez Laurel Zúñiga, Adolfo Mexiac, Armando López Carmona, Jorge Chuey, Kiyoto Ota, Alfredo Nieto Martínez, Jorge Novelo, Gilberto Aceves Navarro, Pedro Zepeda Morales, Antonio Esparza Castillo, Roberto Uribe Rivera, Víctor Monroy, Joaquín Rodríguez, Jorge Álvarez, Mauricio Rivera, Manuel Elías López Monroy, Jaime Reséndiz, María Elena Martínez, Susana Ovilla Bueno, José Luis Heredia y Guillermo de Gante.