Era hijo del naturalista Rodulfo Amando Philippi que había migrado a Chile, y de Caroline Krumwiede.Entre los avances que se dieron mientras Federico Philippi lo dirigió, se puede contar la llegada del primer bibliotecario a la institución, en 1900, época en que la biblioteca del museo contaba con 2200 volúmenes.Philippi debió hacer frente al terremoto ocurrido en la noche del 16 de agosto de 1906, que afectó seriamente al edificio del MNHN.La destrucción del edificio obligó a emprender labores de reconstrucción que tomaron dos años, quedando refaccionado en 1908, año en que se celebró un congreso científico en el museo.Otro hito importante de la gestión de Federico Philippi fue la creación del Boletín del Museo Nacional, publicación que se sigue editando en la actualidad.
