Está rodeada por una zona de colinas conocidas popularmente como los alpes fionianos.
Durante la Edad Media la ciudad, que se encontraba en una península alargada rodeada de mar por tres lados, fue fortificada con fosos y murallas.
En 1477 se fundó un monasterio de la Orden del Espíritu Santo, que tuvo un hospital dedicado a los pobres.
Durante los siglos XVI y XVII Faaborg experimentó una crisis económica, debida primero al comercio ilegal y después a las guerras que Dinamarca sostuvo contra Suecia.
El puerto fue expandido considerablemente y en 1880 la ciudad fue conectada por ferrocarril con otras ciudades fionianas.
La iglesia fue construida en el siglo XIII para servir de parroquia, pero fue derribada hacia 1550.