Está también presente en las redes sociales, con más de 7000 seguidores en Twitter y casi 39 000 en Facebook.
En el año 1997, el proyecto empezó a publicarse vía web y los contenidos fueron volcándose en internet para su consulta.
Desde aquel momento, la Alianza Evangélica Española, presidida en aquel momento por Pablo Martínez Vila, es la entidad que lo avala, y Juan Antonio Monroy su figura principal personal, quedando constituido Protestante Digital en dos vértices, la agencia ACPress y el magacín "Protestante Digital".
[11] El crecimiento del proyecto ha sido continuo durante todo este tiempo, tanto en medios humanos como técnicos, creándose en el año 2006 el Premio Unamuno, en el año 2009 la actualización continua de las noticias y artículos de la web (hasta entonces el equipo tenía un descanso estival)[12] y la transformación a principios del año 2011 en un diario, convirtiéndose en el primer diario protestante en línea[13][14][15] (hasta entonces era un periódico con actualizaciones los martes, viernes y domingo).
[16] También en ese año, renuncian a cualquier subvención pública,[17] en consonancia con la decisión de la Alianza Evangélica Española.
Algunos medios no protestantes acusan a Protestante Digital de haberse apropiado del nombre de Unamuno para realizar las entregas del Premio, indicando que manipulan al personaje y a sus textos.