Sercey, incómodo con las sutilezas de la política persa, pronto fue llamado a Francia.
Flandin y Coste tuvieron que continuar su viaje solos en condiciones muy duras.
«Ahora los dos íbamos a pasar por regiones inhóspitas durante mucho tiempo, sin entender su idioma, no muy familiarizados con sus costumbres, y conociendo demasiado bien su fanatismo...
Estábamos en un momento en que el ya alto calor iba a aumentar las dificultades de nuestra tarea... Nuestra pequeña tropa estaba compuesta por M. Coste y yo, un ayuda de cámara francés, cocinero genovés, un verdadero envenenador, pero que redimió su ignorancia culinaria por su conocimiento como dragomán.
Estudiaron, entre otras, las ciudades de Hamadan, Kermanshah, Ispahan, Shiraz, Persépolis, Mosul, Alepo, Constantinopla.
Por este trabajo iconográfico descriptivo realizado con fines científicos, Flandin fue premiado con la Legión de Honor en 1842.
El arqueólogo y diplomático francés Paul Emile Botta buscaba allí los restos de la antigua capital del Imperio asirio, Nínive.
Durante sus viajes, alterna bocetos arqueológicos (monumentos, bajorrelieves...) y retratos, escenas de género, paisajes urbanos.