En su sentido más amplio, la estomatitis puede tener una multitud de diferentes causas y apariencias.

Las causas comunes incluyen infecciones, deficiencias nutricionales, reacciones alérgicas, radioterapia y muchas otras.

El hierro es necesario para la regulación positiva de los elementos transcripcionales para la replicación y reparación celular.

La estomatitis aftosa (afta) es la aparición recurrente de úlceras en la boca en personas sanas.

Los síntomas van desde una molestia menor a ser incapacitantes por el dolor  en  la comida, la deglución y la conversación.

Esto causa pliegues de la piel alrededor del ángulo de la boca que se mantienen húmedos por la saliva, lo que a su vez favorece la infección; principalmente por Candida albicans o especies similares.

El tratamiento generalmente implica la administración de nistatina tópica o agentes antifúngicos similares.

El tratamiento es por medicamentos antimicóticos y una mejor higiene dental, como no usar la dentadura postiza durante el sueño.

La estomatitis alérgica por contacto aparece como inflamación inespecífica, por lo que puede confundirse con irritación física crónica.

El diagnóstico se confirma mediante una prueba de parche, y la cura es evitar la exposición al alergeno.

[10]​ El término mucositisa veces se utiliza como sinónimo de estomatitis, sin embargo, el primero generalmente se refiere a las reacciones de la mucosa a la radioterapia o la quimioterapia, y puede ocurrir en cualquier parte del tracto gastrointestinal y no solo en la boca.

Las lesiones se localizan en la mucosa bucal (interior de las mejillas) o en las encías.