Para regulación de su flujo solo tiene en su cuenca el embalse El Mollar en la hoya del estero Las Palmas.
[1]: IV-32 El Pupío cuenta con una estación fluviométrica y muestra un régimen pluvial que sólo presenta caudales de consideración durante el invierno, producto de leves lluvias.
Solo una vez cada 20 años (5 % del tiempo) el caudal sobrepasa los 800 litros por segundo.
El caudal del río (en un lugar fijo) varía en el tiempo, por lo que existen varias formas de representarlo.
Esto quiere decir que ese mes se han medido igual cantidad de caudales mayores que caudales menores a esa cantidad.
Pero en su camino al mar, el Pupío bordea el poblado de Caimanes.