La primera administración estuvo a cargo del Dr. Marcial Portilla Aguilar, quien realizó las gestiones para proveer a los laboratorios de aparatos y materiales necesarios para las prácticas del alumnado.El mobiliario del salón Paraninfo fue restaurado y se acondicionó la sala "Sor Juana Inés de la Cruz", para que se impartieran las clases de apreciación musical.En 1965, el Dr. Portilla fue confirmado para un segundo periodo en la dirección, sin embargo, por motivos políticos tuvo que presentar su renuncia en 1966, ese mismo año, los alumnos participaron en el paro que finalmente culminó con la renuncia del Dr. Ignacio Chávez, entonces rector de la UNAM.Durante la segunda gestión, se realizaron los primeros intercambios estudiantiles con escuelas extranjeras.Algunos funcionarios se negaron a abandonarlo y se refugiaron en las oficinas administrativas, en respuesta, los paristas colocaron un muro de cemento y ladrillos en el acceso principal de la dirección.Héctor Enrique Herrera León y Vélez, entonces director general de la Escuela Nacional Preparatoria, se presentó en el lugar para atender el llamado de los jóvenes, se logró llegar a varios acuerdos para solucionar el conflicto, entre ellos, la destitución inmediata del director auxiliar, Joaquín Meza Coria.Satilda González Baños –la primera mujer al frente del plantel–, quien reorganizó y reconcilió las diferencias que dejó su antecesor entre la comunidad preparatoriana.Leopoldo Martínez González, como director auxiliar para el periodo de 2007 al 2011.[5][6] En respuesta, los alumnos bloquearon la vialidad donde se ubica la escuela para que el director resolviera el problema con los trabajadores.[7][8] El 4 de marzo de 2011, a través del periódico La Jornada, se denunció a los profesores Carlos Gloria y Patricia Marcelino por hostigamiento sexual y acoso académico.José Ricardo García Rodríguez, como director para el periodo de 2011 al 2015.Sin embargo, la Dirección General de la ENP acordó con las estudiantes paristas, designar al Lic.
Ezequiel A. Chávez
, fue un abogado y psicólogo mexicano rector de la UNAM en dos ocasiones.
