Fue el legado personal de Felipe Nieto Benito, militar y político republicano progresista afincado en la ciudad, que destinó buena parte de su herencia a su creación.
Sus albaceas testamentarios fueron Francisco Pi y Margall —líder del Partido Republicano Democrático Federal con el que se identificaba Felipe Nieto—, Fernando Lozano Montes y Ramón Chíes, editores de Las Dominicales del Libre Pensamiento.
En 1902, a la muerte de Juana Nieto Benito, el único albacea vivo, Fernando Lozano, inició los trámites para la apertura de la Escuela Laica, adquiriendo la casa de los Belzas, en la calle del Barrionuevo Baja, 46 (hoy del Ingeniero Mariño, 42), un amplio edificio que tenía una extensa huerta y jardín.
La educación era gratuita y, según Fernando Lozano, en el centro no se enseñaría:
Y añadía que "la escuela laica no es atea ni irreligiosa, es simplemente neutra".