Contaminación: las esporas de los hongos se depositan en las plantas (transportadas por el viento, por ejemplo), germinan y penetran en el interior de los tejidos.
El hongo pasa a través de los orificios naturales (estomas, lenticelas), o entra por lesiones en las plantas (sobre todo por las causadas por los insectos), o incluso es capaz de atravesar la cutícula.
Incubación: el hongo se ramifica e invade las células de los tejidos o los espacios intercelulares.
La planta atacada puede languidecer (necrosis del tejido, obstrucción de los vasos ...).
Los productos utilizados para la lucha contra las enfermedades criptogámicas son llamados fungicidas.