El empalme tuvo tres ubicaciones a lo largo de los años: En primer momento se lo colocó junto al muelle Maciel construido desde 1908 y ubicado en torno a la playa Costanera, en inmediaciones de Prefectura Naval.
[4] Una vez iniciadas las obras del puerto Antonio Morán actual en 1923 y hallarse avanzadas en 1929 la centralización de las tareas portuarias fue traslada allí.
A partir del empalme se posibilitó un desvío recto hacia el puerto mientras que si era esquivado la vía se dirigía rumbo norte a la zona de la Costanera y los kilómetros.
Sin embargo, desde 1918 los documentos registran gran cantidad de cargas y movimientos relacionados con el puerto.
[8][9][10][11] El avance de la obra produjo que la actividad ferroviaria y portuaria se mudaran a este punto.
El debate se terminó intensificando desde los años sesenta y los intentos de los habitantes del Centro para desafectar a la estación matriz, consiguieron que en 1969 las tierras del ferrocarril sean transferidas al municipio de Comodoro.
Sin embargo, el traspaso de nación al municipio se demora hasta principios de los setenta, por lo que las vías que atravesaban gran parte del barrio Centro fueron anuladas recién en esos años.
Como resultado, la mayor parte de la tierra del ferrocarril pasó al municipio que inició la urbanización.
Puntualmente, él describió una parada precaria construida en inmediaciones del empalme al puerto solo para pasajeros en reemplazo de la estación central que ya no mostraba vías en casi todo el barrio Centro y un ferrocarril que despachaba formaciones a vapor al puerto cargueras de uno o dos vagones al puerto por semana.
Una vez cerrado definitivamente el ferrocarril en 1978 al tiempo la municipalidad procedió a tapar y levantar lo que quedaba de las vías en inmediaciones de este punto y el Centro quedó desde entonces con pocos vestigios ferroviarios.