La AGPSE se transformó en Sociedad del Estado por el decreto 1456/87 y en el año 1992, por el decreto 817/92, se procedió a realizar tres acciones fundamentales; la desregulación, la descentralización y la privatización de las operaciones que a la fecha estaban a cargo de la AGPSE.

[5]​ Con ese criterio, un decreto del presidente Eduardo Duhalde dispuso en 2002 eliminar el aditamento "en liquidación" al nombre de la empresa, oficializando así su refuncionalización.

[9]​ La AGP controla el 25% del capital social de Belgrano Cargas y Logística.

El Puerto Buenos Aires fue dividido en tres grandes sectores: El sector denominado Puerto Nuevo (Área costera desde la Avenida Córdoba hasta la calle Salguero) es el área concesionada a la operatoria portuaria y la atención de buques de ultramar y cabotaje.

En la presente temporada recibió a más de 500 mil pasajeros en 160 Navíos.