Los gametos masculinos se desplazan hasta los arquegonios, se abren paso a través del cuello, y penetran la ovocélula para formar la célula huevo o cigoto.
En el primer caso, los embriones pueden ser exoscópicos, si el ápice caulinar se orienta hacia afuera (como en Psilotum, Tmesipteris, Equisetum, y algunas Ophioglossaceae), o endoscópicos, si el ápice caulinar se orienta hacia el fondo del esporangio.
Si la división es longitudinal, en cambio, los embriones puede tener suspensor, un conjunto de células estériles que empuja el embrión propiamente dicho hacia adentro (como en Lycopodium, Selaginella, y algunos miembros de Marattiaceae) o no (Isoetes, algunos otros Marattiaceae y Ophioglossaceae).
Si la primera división es vertical, el ápice caulinar crece lateralmente con respecto al eje del arquegonio, y no tiene suspensor (como ocurre en los helechos leptosporangiados).
Generalmente el embrión de las pteridófitas tiene tres partes: un pie (la porción adherida al prótalo), el ápice caulinar y la primera raíz.