Estudió medicina y empezó a ejercer en 1864 en Albania, que en esa época pertenecía al Imperio otomano.
Gordon le envió en misiones diplomáticas a los reinos de Buganda y Bunyoro.
La rebelión de Muhammad Ahmad al Mahdi que pretendía expulsar a los egipcios de Sudán estalló en 1881 y aunque en sus primeros años no alcanzó Ecuatoria en 1884 los rebeldes controlaban casi todo el Sudán y se acercaban peligrosamente a la provincia gobernada por Emin Pasha.
Emin decidió trasladar la capital a Wadelai, 400 km al sur de Lado.
Emin Pasha lanzó en 1886 un llamamiento para que el mundo, y especialmente el Reino Unido, acudiera en su auxilio.