Expedición en auxilio de Emin Pasha
Eduard Schnitzer, llamado Emin Pasha, un médico y naturalista alemán, era en ese momento el gobernador de Ecuatoria.
En julio, animado por el misionero Alexander Mackay, lanzó un llamamiento al gobierno británico para que se anexionase de Equatoria.
Aunque el gobierno no estaba interesado en tan dudosa empresa, la opinión pública británica, alertada por Wilhelm Junker, llegó a ver Emin como un segundo caso Gordon, también en peligro de muerte a causa de los mahdistas.
El sentimiento de culpa británico por la muerte del ya entonces general Gordon, que había organizado la defensa de Jartum el año anterior y había sido decapitado tras la toma por los mahdistas, hizo que su llamada tuviera eco.
En noviembre, el empresario y filántropo escocés William Mackinnon, que había participado en varias empresas coloniales, se dirigió a Stanley para saber si podría liderar de una expedición de socorro.
Stanley, que contaba entonces 44 años y era uno de los pocos europeos con experiencia en el África central, se declaró dispuesto a ir «en cualquier momento».
Stanley aún estaba oficialmente al servicio de Leopoldo II de Bélgica, que le había empleado durante años para ayudarle a establecer el Estado Libre del Congo.
A cambio, Leopoldo proporcionaría sus barcos de vapor del Estado Libre para realizar el transporte de la expedición remontando el río Congo, desde la Stanley Pool (ahora Pool Malebo) hasta la desembocadura del río Aruwimi.
Declaró: El plan de la expedición era ir a El Cairo y a continuación seguir hasta Zanzíbar para contratar porteadores; luego navegarían al sur de África, alrededor del Cabo, hasta alcanzar la desembocadura del Congo.
Stanley también se reunió con Mason Bey, Schweinfurth y Junker, que tenían mucha más información actualizada sobre Equatoria.
Los siguientes tres días los pasaron embalando lo necesario para la expedición, cargando el Madura, y realizando negociaciones.
Stanley envió cartas a Emin anunciándole que su llegada al lago Alberto sería alrededor del mes de agosto.
Incluso con éstos vapores no podían transportar todo lo previsto, por lo que se dejaron en Leopoldville muchas provisiones y más en Bolobo.
Al llegar a Yambuya Stanley se encontró con que sus habitantes le negaron el permiso para residir en su poblado, por lo que les atacó y expulsó a cierta distancia, convirtiendo el poblado abandonado en un campamento fortificado.
Los árboles del bosque eran tan altos y densos que poca luz alcanzaba el suelo (de ahí la frase darkest Africa, 'África más oscura'), la comida era escasa y difícil de encontrar, y los nativos pigmeos tomaron la expedición como una partida de esclavistas árabes, disparando contra ellos flechas envenenadas.
Stanley decidió regresar a la aldea de Ibwiri, en la meseta situada por encima del lago, donde construyó Fort Bodo.
El viaje hacia la costa comenzó dirigiéndose primero al sur, a lo largo del flanco occidental de las montañas Ruwenzori, que William G. Stairs intentó ascender, llegando a los 3250 m antes de tener que dar la vuelta.
Emin entró en servicio con los alemanes en febrero, y el resto de los europeos regresó a Inglaterra.
Stanley regresó a Europa en mayo de 1890 con un tremendo éxito popular; tanto él como sus oficiales recibieron numerosos premios, títulos honoríficos, y dieron muchas conferencias.
Al final, ésta fue la última expedición de su tipo y las futuras expediciones africanas serían administradas por el gobierno en la búsqueda de objetivos militares o políticos, o llevadas a cabo exclusivamente con fines científicos.
