A la postre la campaña se polarizó entre Hernández y el candidato del Partido de la U Raúl Flórez, aún más luego de que la candidatura del inhabilitado exgobernador William Pérez fue anulada y adhirió a la postulación de Flórez.
El 28 de octubre fue derrotado en las urnas por amplia mayoría por Raúl Flórez, quien casi lo duplicó en votación.
actualmente candidato a la gobernación otra vez, por el partido "ping" para los periodos 2012-2015, aunque con muchas capacidades y conocimientos lamentablemente su candidato a la alcaldía Luis Eduardo Castro no es el más querido por la comunidad al parecer el mejor aspirante a la alcaldía de Yopal es Willman Enrrique Celemín Cáceres.
En 2014 fue condenado a seis años de prisión porque la Corte Suprema consideró que existieron pruebas que permiten inferir en el delito de concierto para delinquir agravado.
Para la Corte, Hernández habría buscado apoyo de comandantes paramilitares para llegar al Capitolio Nacional en el año 2002.
Sin embargo, en su intervención ante el alto tribunal Hernández aseguró que incluso ‘Martín Llanos’ lo amenazó en repetidas oportunidades con el fin de que no pudiera hacer actividades políticas en Yopal y en diferentes municipios de la región.