El padre Farrell era un activo opositor a la esclavitud y dejó en su testamento 5000 dólares para una iglesia católica afroamericana, además de haber abogado por facilitar una mayor educación a los niños.
Trabajó con gran energía y celo, no tan solo en las actividades parroquiales, sino también en muchas respetables iniciativas públicas.
En poco tiempo adquirió una sólida reputación entre los más destacados curas católicos en la ciudad, como un hombre de opiniones decididas y, para la época, revolucionarias.
Pasado un tiempo empezó a sentir que esta vida era una carga "por la procesión inacabable de hombres, mujeres y niños acudiendo a su puerta para pedir, no tanto por sus almas, sino por un empleo."
Creyó que había encontrado la respuesta en las enseñanzas de Henry George, quedando profundamente impresionado por Progreso y Pobreza, y fue con el respaldo entusiástico de George que comenzó a desafiar a sus superiores.
El arzobispo le suspendió de sus funciones eclesiásticas durante dos semanas.
El Dr. Richard Lalor Burtsell, como abogado canónico de McGlynn, cablegrafió su respuesta indicando que su cliente lo haría bajo determinadas condiciones.
En 1892, monseñor Satolli vino a los Estados Unidos como legado pontificio con instrucciones del papa para examinar el caso McGlynn, quien se comprometió a no divulgar más doctrinas no autorizadas por la Iglesia.
En la mañana del día de Navidad McGlynn celebró misa por primera vez desde su excomunión en 1887.
Aquella tarde habló en el Sindicato del Cobre ante una multitud entusiasta, no pronunciando ninguna palabra de disculpa por sus acciones sino que, por el contrario, indicó que seguía abogando por las doctrinas del impuesto único y, a continuación, pronunció un tradicional sermón de Navidad.