Fue elegido diputado federal por primera vez en 2002, cuando aún pertenecía al PPB, siendo reelegido por el PMDB en las elecciones de 2006, 2010 y 2014.

[5]​ Imputado por mentir en la CPI de la Petrobras, le fue abierto un proceso en donde se pide su casación por la quiebra del decoro parlamentario.

Posteriormente trabajó como auditor en la empresa Arthur Andersen desde 1978 a 1980, año en que se graduó en economía en la Universidad Candido Mendes, y actuó como economista en la Xerox de Brasil entre los años 1980 y 1982.

En 1989, el economista y empresario Paulo César Harías invitó a Eduardo Cunha a afiliarse al Partido de la Reconstrucción Nacional (PRN) y a integrar el núcleo de la campaña presidencial del candidato Fernando Collor de Mello.

[14]​ Según Daniel Tourinho, entonces presidente del PRN, Cunha fue el responsable por descubrir un fallo en el registro del Partido Municipalista Brasileño (PMB) que impidió la candidatura de Silvio Santos.

Tras ser electo, Collor invitó Eduardo Cunha para integrar el nuevo equipo económico del gobierno, comandado por Zélia Cardoso de Mello, pero él no aceptó.

Mantuvo vínculos con el exministro de Hacienda y entonces diputado federal Francisco Dornelles, se unió al Partido Progresista Brasileño (PPB; actual PP) en 1994.

Cuando presidía la Telerj, Cunha había conseguido una línea telefónica para Silva, en una época en la cual aquello era un bien escaso, y más tarde lo ayudó a renegociar una deuda de dieciséis millones de reales con el Instituto Nacional del Seguro Social (INSS), que salió por 20% del valor original.

[14]​ Sin embargo, un fallo de la Primera Turma del Tribunal Regional Federal concedió aquel mismo año un habeas corpus a Cunha y detuvo la acción contra él.

[20]​ La secretaría fue extinta en octubre y fue sustituida por la Companhia Estadual de Habitação, y Silva, que reasumiría su mandato parlamentario, indicó a Cunha para ocupar la presidencia de la nueva empresa pública.

[24]​[25]​[26]​ Fue imputado por favorecimento a la constructora Grande Piso, de propiedad de un afiliado del PRN, en cuatro licitaciones que sumaban R$ 34 millones para el conjunto Nova Sepetiba, el mayor proyecto habitacional del gobierno de Garotinho, pero fue constatado que la empresa no tenía condiciones para hacer o tocar obras.

[24]​[25]​ El escándalo no sacudió los lazos entre Anthony Garotinho y Eduardo Cunha, en la época director de la Melodía FM y productor del programa del gobernador fluminense para la radio evangélica.

[26]​ También en 2001, gracias a los contactos del gobernador Anthony Garotinho, asumió una vacante de diputado estadual en la ALERJ, lo que le garantizaba inmunidad en las investigaciones del Ministerio Público.

Ese proceso culminó en la congelación de los activos en la Suiza atribuidos al Diputado.

[45]​ Estos datos fueron usados por la Procuraduría-General en la formulación de las dos denuncias contra Cunha al STF.

[52]​ En 4 de abril de 2016, fue divulgado por el periódico El País que Eduardo Cunha y otros investigados en la Lava Jato posee cuentas en empresas offshores en el exterior abiertas por la compañía panameña Mossack Fonseca, especializada en camuflar activos usando compañías acogidas en paraísos fiscales.

[53]​ Eduardo Cunha y su segunda esposa, Cláudia Cruz, son socios propietarios de diversas empresas.

Autodeclarado evangélico, Cunha es considerado uno de los parlamentarios más conservadores del país.

[37]​[59]​ En el Congreso Nacional desde 2003, se ha hecho notar como defensor de valores tradicionales, por ejemplo, posicionándose contra la unión estable homoafetiva, la legalización del aborto y la marihuana.