Hideyoshi luego redujo las posesiones del clan Gamō, dando Nihonmatsu y las áreas circundantes al samurái Asano Nagamasa.

Este cambio duró muy poco, ya que el dominio de Aizu fue reasignado al clan Uesugi y sus posesiones se expandieron para abarcar Nihonmatsu.

Los Gamō recuperaron Nihonmatsu, pero el dominio pronto se vio afectado por una variedad de desastres naturales, incluido un terremoto masivo, mal tiempo e inundaciones, lo que provocó la pérdida de cosechas y una hambruna generalizada.

Los Niwa reconstruyeron el castillo de Nihonmatsu y reformaron la situación financiera del dominio.

Durante el período Bakumatsu, el décimo daimio, Niwa Nagakuni, fue asignado a defender la bahía de Edo, al comienzo de la Guerra Boshin, uniéndose a la coalición militar Ōuetsu Reppan Dōmei.

Su sucesor, Niwa Nagahiro, hizo las paces con las fuerzas imperiales pero con un dominio reducido a 50 700 koku.

Como ocurre con la mayoría de los dominios del sistema han, el dominio Nihonmatsu constaba de varios territorios discontinuos calculados para proporcionar el kokudaka asignado, en base a estudios catastrales periódicos y rendimientos agrícolas proyectados.