Como sus dos hermanos mayores murieron a temprana edad, fue nombrado heredero en 1628.

Al morir su padre en 1637, se convirtió en daimio del dominio de Shirakawa.

En 1643, el shogunato Tokugawa ordenó al clan Niwa trasladarse a Nihonmatsu.

Al entrar en el castillo de Nihonmatsu en 1644, Mitsushige se embarcó inmediatamente en un programa para mejorar las carreteras y reconstruir el jōkamachi circundante.

Se retiró de la vida pública en 1679, entregando el dominio a su hijo mayor Niwa Nagatsugu.