Era el hijo mayor del daimio Niwa Nagaaki y de una concubina.

Debido a su corta edad, dependió en gran medida de su karō, Niwa Takaaki.

[2]​ En 1822, se vio obligado a desplegar fuerzas de dominio para sofocar un levantamiento campesino.

Citando mala salud, Nagatomi renunció a sus cargos en 1858 y fue sucedido por su sexto hijo Niwa Nagakuni.

Su séptimo hijo fue adoptado en el clan Inaba, convirtiéndose en Inaba Masakuni, daimio del dominio de Yodo y miembro del consejo rōjū.