En 1939, Wölfel se vio obligado a retirarse del Museo de Etnología.
Además, Wölfel se había ganado enemigos en la comunidad científica porque difundió rumores sobre la ascendencia judía de Hugo Bernatzikis, un antropólogo y fotógrafo austríaco.
Wölfel también intentó en vano ocultar su "Archivo Canario[3]" a la Ahnenerbe, la entidad pseudocientífica alemana constituida en 1935 por dirigentes e ideólogos del Partido Nacionalsocialista Obrero Alemán para realizar y divulgar investigaciones con fines educativos en apoyo de la ideología nazi.
Probablemente, por este motivo, Oswald Menghin y Viktor Christian impidieron su habilitación académica.
Wölfel participó activamente en la resistencia del Museo de Etnología durante la era nazi, junto con Robert Bleichsteiner.