En 2006 pierde la Subdirección General de Planificación Energética, que pasa a depender directamente de la Secretaría General.
[6] Un nuevo cambio, y posiblemente el más relevante, lo sufre en octubre de 2017.
Con esta reforma se precisan aún más las funciones que posee el órgano directivo y se aumenta su estructura orgánica de cinco a siete subdirecciones generales, creándose las subdirecciones generales de Energías Renovables y Estudios, de Eficiencia Energética y de Inspecciones y Liquidaciones Energéticas, y desapareciendo al mismo tiempo la Subdirección General de Planificación Energética y Seguimiento.
[7] En junio de 2018, por primera vez, la política energética se integra en un departamento independiente dedicado a los retos medioambientales, el Ministerio para la Transición Ecológica.
A pesar de esto, no redujo su estructura, pues se crearon dos nuevas subdirecciones para unificar funciones que ya tenía, a saber: una para Infraestructuras e Integración del Sistema Energético y otra para Almacenamiento y Flexibilidad.