[4]​ A partir del año 2004, se quedó sin direcciones generales (sin contar la SGT), se le añadió la Subdirección General de Régimen Interior y Patrimonio y la Subdirección General de Medios Informáticos y Servicios se renombró como Subdirección General de Información al Ciudadano y Servicios Tecnológicos, al asumir más competencias.

Tras casi siete años, en junio de 2018 se recuperó un departamento ministerial dedicado en exclusiva a los retos medioambientales, llamado Ministerio para la Transición Ecológica.

Asimismo, se le adscribió el Centro Nacional de Educación Ambiental.

Se le adscribió una nueva Dirección General de Servicios que asumió gran parte de las funciones relativas a los recursos humanos, inspección de servicios, servicios comunes, régimen interior y económico-presupuestario, así como los temas relativos al ámbito tecnológico del Departamento.

La Subsecretaría del Ministerio para la Transición Ecológica tiene un presupuesto asignado de 136 505 850 € para el año 2023: