Anteriormente había existido una Inspección General, pero dependía íntegramente de las autoridades militares.
Es con la dirección general de Presidios que la Administración Penitenciaria asume un carácter civil-administrativo, si bien su personal continuaba compuesto por militares.
Estos problemas se intentaron resolver con la creación del cargo de inspector general de Presidios en 1841, pero al frente estuvo un oficial militar que no hizo sino favorecer las pretensiones del Ejército.
Máximo Cuervo Radigales, director general de Prisiones entre 1938 y 1942,[22] reorganizó los servicios carcelarios primero en la zona franquista y luego en todo el territorio nacional tras el final de la contienda.
[23] En ese contexto la administración carcelaria se encontró con el problema de una población reclusa muy numerosa, y con una grave escasez de personal, por lo que se convocaron nuevas plazas para excombatientes del bando franquista.
[24] Esta denominación se mantuvo hasta bien entrada la democracia, si bien con ligeros cambios en su rango.
Otro cambio importante se produjo en 1996, ya que ese año pasó a depender directamente del Ministerio del Interior y no de Justicia, como lo había hecho hasta entonces.