[2]​ A su llegada a la provincia, Diego de Santillán hubo de enfrentar graves calamidades que le tuvieron muy ocupado los años que duró su administración.

En la isla de Cozumel se refugiaron los piratas en esa ocasión y hasta ese lugar decidió perseguirlos el contingente enviado por el gobernador.

Ahí fueron interceptados y al haber sido tomados por sorpresa, se les redujo y apresó recuperándose el botín que habían logrado en Hunucmá.

El gobernador enfrentó los acontecimientos con entereza al abrir a la población todos los almacenes de granos que existían, impidiendo con ello la especulación y el uso inequitativo de los pocos alimentos disponibles.

[2]​ Recibió en su tiempo una cédula real que le urgía a terminar los trabajos de la Catedral de Yucatán, mismos que avanzaron significativamente bajo su cuidado, aunque la obra no fue concluida entonces.