En su labor como misionero, Thompson trajo la Biblia en la lengua de los pueblos americanos y promovió su lectura.Se embarcó en 1816 desde la ciudad de Liverpool rumbo a Sudamérica, como misionero, para llevar el mensaje de Dios, y como educador para fundar escuelas públicas e implantar el Sistema de educación Lancaster creado por Joseph Lancaster (En que los alumnos más aventajados actúan como monitores para enseñar a leer y escribir a otros alumnos).Empezó a predicar La Palabra de Dios y repartió ejemplares de la Biblia a la población, esto molestó a la Iglesia católica, ya que estaba prohibido que la Biblia fuera leída por el común de las personas, solo era permitido al clero,[1] también porque la Biblia protestante, siguiendo el canon hebreo, no incorpora los libros deuterocanónicos como la versión católica.En 1820 fue invitado a Chile por el director supremo Bernardo O'Higgins, quien le ofreció 1200 pesos anuales para que fundara escuelas públicas en dicho país.El 6 de julio se creó la primera Escuela Normal del Perú y Thompson fue nombrado como su director.El convento de Santo Tomas fue desalojado por decreto para que se fundara allí la nueva escuela.Pero la única imprenta estaba en El Callao, esto le imposibilitó imprimirlo y lamentablemente la traducción se perdió.Regresó a Gran Bretaña a principios de abril y publicó: Letters on the moral and religiouns state of South America (Cartas sobre la moral y el estado religioso de Sudamérica).Entre 1833 y 1837 viajó por el Mar del Caribe, visitó Haití donde recomendó a las Sociedad Bíblica en Londres traducir La Biblia al haitiano.Gracias a Thompson se fundó la Sociedad Bíblica de Haití, luego recorrió las antillas.
