El Ejército británico es responsable de algunas áreas del castillo, aunque su presencia actual es meramente ceremonial y administrativa.

[5]​ Cuatro de sus lados se hallan protegidos por abruptos acantilados, y el acceso al castillo queda limitado a una calle de pronunciada pendiente en el lado oriental del castillo.

Sin embargo, la crónica de Fordun no fue escrita hasta finales del siglo XIV, y las crónicas coetáneas del obispo Turgot sobre la vida de Santa Margarita no mencionan ningún castillo.

La fortaleza fue ocupada por los ingleses durante doce años hasta 1186, cuando Guillermo lo recuperó gracias a la dote de su futura esposa inglesa Ermengarda de Beaumont, quien había sido seleccionada para él por el rey Enrique.

[20]​ La torre de David se construyó en torno a 1367 y estaba incompleta a la muerte del rey en 1371, por lo que tuvo que ser finalizada esa década en el reinado de Roberto II.

[21]​ A comienzos del siglo XV se produjo otra invasión inglesa, esta vez liderada por Enrique IV, que llegó a asediar el castillo de Edimburgo, aunque finalmente tuvieron que retirarse por falta de suministros.

La primera compra de un arma fue en 1384 y la «gran bombarda» Mons Meg fue entregada en Edimburgo en 1457.

[27]​ Más adelante neerlandeses produjeron culebrinas,[28]​ mientras que franceses sustituyeron a Brothwick con la producción de arcabuces,[29]​ existiendo unos 413 ejemplares en 1541.

[22]​ Jacobo IV, sin embargo, construyó el gran salón, siendo concluido a principios del siglo XVI.

Enrique Estuardo fue asesinado unos años más tarde, y María se casó con el principal sospechoso, James Hepburn, hecho que enfureció a la nobleza, quien la encarceló en el castillo de Lochleven y forzó su abdicación.

El castillo de Edimburgo fue entregado por el capitán James Balfour al regente Jacobo Estuardo, quien había forzado la abdicación de María y actuaba como regente en nombre del infante Jacobo VI.

[36]​ Esta guerra civil intermitente es conocida como el «Largo asedio», debido a que duró dos años.

Los partidarios del regente pidieron ayuda a Isabel I de Inglaterra, ya que no tenían los medios para asediar el castillo y temían que Grange pidiera ayuda a Francia o al duque de Alba en los Países Bajos Españoles.

Grange finalmente pactó la rendición el 28 de mayo, prefiriendo rendirse ante los ingleses que ante al regente Morton.

La paz, sin embargo, duró poco tiempo y los Covenanters recuperaron el castillo tras un asedio de tres meses.

[21]​ El comandante realista James Graham, I marqués de Montrose, fue encarcelado aquí tras su cautiverio en 1650.

En respuesta al apoyo monárquico, Oliver Cromwell invadió Escocia y el castillo fue conquistado tras tres meses de asedio, causando grandes daños.

[47]​ El marqués de Argyll fue encarcelado en 1661 tras al regreso del monarca, y su hijo también fue recluido dos décadas más tarde tras dirigir una fallida rebelión contra Jacobo VII.

[49]​ La última acción militar del castillo tuvo lugar durante la rebelión jacobita de 1745, cuando Carlos Eduardo Estuardo conquistó Edimburgo sin derramar sangre en septiembre de ese año, aunque el castillo se mantuvo en manos del gobernador George Preston.

La huida de 49 prisioneros en 1811 en una abertura en el muro provocó que cesara su uso como prisión en 1814[55]​ y comenzara a considerarse un monumento nacional.

La capilla de Santa Margarita fue redescubierta en 1845, usada como almacén hasta entonces, y un nuevo acceso fue construido en 1888.

[59]​ La gestión pasó a la Historic Scotland en 1991 tras su fundación y fue declarado Monumento planificado en 1993.