[1]​ Con la llegada del rey Felipe II se pudo comenzar la redefinición de la geografía eclesiástica de las posesiones españolas en los Países Bajos, ya discutida en las décadas anteriores.

El 12 de mayo de 1559, con la bula Super universas, el papa Paulo IV erigió catorce nuevas diócesis, entre ellas la de Brujas, que, junto con las cuatro preexistentes, formaban tres nuevas provincias eclesiásticas, a saber, Cambrai, Utrecht y Malinas.

Recién en 1719 fue reabierto por Hendrik Jozef van Susteren, obispo que destacó sobre todo por su tenaz oposición al jansenismo.

La antigua catedral de San Donato fue expropiada durante la Revolución francesa, luego vendido en subasta, finalmente demolida por los compradores para revender el material de construcción.

Solo después de la Revolución belga se pudo implementar el proyecto anterior.

Boussen visitó varias veces la diócesis, estableció nuevos estatutos diocesanos adaptados a los tiempos, erigió varios colegios católicos y una escuela normal.

El territorio diocesano permaneció sin cambios hasta 1967, cuando el distrito de Mouscron fue transferido a la diócesis de Tournai mediante el decreto Cum civiles provinciae.